O Curso de Mestrado do Programa de Pós-Graduação em Epidemiologia da UFPel tem sua estrutura curricular baseada em dois pilares. De um lado, disciplinas de cunho teórico, fornecendo a base da formação do mestrando. De outro, disciplinas de cunho prático, em que os alunos trabalham coletivamente a construção de seu projeto de pesquisa, passando pela escolha de um tema, revisão da literatura, definição de objetivos e da metodologia. Esse esforço conjunto culmina na realização de um trabalho de campo único, na forma de um estudo transversal de base populacional, em que todos os mestrandos participam de maneira integral, obtendo dados para sua dissertação.

A estratégia tem garantido a formação de mestres em epidemiologia com forte base teórica e com experiência de preparação e condução de um trabalho de campo. Além disso, tem sido possível manter um tempo de titulação abaixo de 24 meses. Cerca de 80% dos egressos têm publicado pelo menos um artigo baseado em seu mestrado. Destas publicações, quase 90% têm se dado em periódicos classificados como Internacional-A no Qualis da Capes.